除了鹿善继，前往京营监军的文震孟、前往宣府监军的倪元璐，以及前往蓟州监军的施邦曜也都行使了密折奏事的权力，分别上了密折。锦衣卫和东厂也都很尽职，每人一式两份的密折，先后都到了皇帝的案头。三个人密折的内容差不太多，都与发放军饷过程中发现的问题有关。文震孟上任之后，先去了神机营。神机营是的历史非常久远，几乎与大明朝的历史一样长。朱元璋占领南京之后，就开始重视发展和使用火器，当时他称吴王的时候，就已经有了一支以火器为主的军队，大量装备了火铳、火炮、火箭等热兵器。也正是因为这一点，明太祖朱元璋在与张士诚、陈友谅的战争中才能屡次以少胜多，赢得最后胜利。后来，朱元璋的部队在对阵以马步军和骑射为主的元军时，又是装备了热兵器的部队发挥了决定性的作用，尤其在北伐的过程中，大量火炮的使用，使得徐达和常遇春率领的北伐军取得了辉煌的胜利。
再后来，到了明成祖朱棣的时候，对火器的重视程度更高了，迁都北京以后，专门在京师设置了以火枪火炮等热兵器为主的神机营，当时的编制员额是五千人，全营分为中军、左右掖和左右哨五军，共装备有“霹雳炮”三千六百杆，“大连珠炮”二百杆，盏口将军炮一百六十门，另有炮兵手持的“手铳”五百杆。所谓的“霹雳炮”，就是步兵火铳，以后又改装鸟铳，再后来就是前装的火绳枪。所谓的“大连珠炮”，就是多管火铳，主要是“三眼铳”。所谓“盏口将军炮”，就是口径有盏口大小的野战火炮。至于“手铳”就是炮兵近战防身用的单发短柄火铳。这是神机营成立之后相当长一段时间内的编制，随着成祖以后多位明朝皇帝对火器的重视，特别是蒙古人、女真人对北部边境的威胁凸显以后，神机营经过了多次的扩编，装备也有了很大的改进。神机营原来的中军、左右掖和左右哨也升格为营，分别升格为前后左右中五个营头，每个营头的编制都是三千人，总计一万五千人。
然后在万历后期以来的辽东作战中，神机营当然也是一抽再抽，不少精锐都战死在辽东。由于如今的火器装填、点火、瞄准等比较复杂，所以熟练的军卒比较难得，而大量精锐的损失，也不是说补充就能补充的，所以如今虽然仍是一万五千人的编制，但是五个营头缺额很多，即便是登记在册而且实有其人的，也有相当一部分要么是老弱病残的，要么是临时拉来滥竽充数的，这样的士卒占了如今神机营实有人数的四分之一还多，再加上缺额不补吃空饷的，至少三分之一的士卒要么是不存在的，要么是根本没有战斗力的。
这样的情况，当然令状元出身的文震孟极为震惊，一向自诩为天下精锐的京营居然是这个样子，完全出乎他的意料之外。然而即便神机营已经如此不堪，当他到了五军营这个以马步军与车营混编的京师主力军营地以后，更加震惊了。左右马军营多是勋贵之家的纨绔子弟充任，前后步军营则看来了更像是乞丐队伍，至于中军车营则多是老弱病残，鼎盛时期编制十五万人的五军营，如今实有编制两万五千人，而且其中还不知道有多少冒名顶替的呢，即便如此当文震孟连发两天饷银之后，实际发出的军饷也只合得上一万八千人，另外七千人要么逃亡流失了，要么就是根本不存在。三千营也是如此，这个在成祖时期编制三千，并以归化蒙古人为主的纯骑兵部队，也曾经是战力强劲的京营主力，鼎盛时期也人数曾经达到过七八万人，后来随着外来威胁的消长，三千营的编制也是忽多忽少，一度还曾更名为神枢营，如今三千营上报军机处备案的人数是两万人，而实际露面领饷的只有一万两千人，其中还多是老弱病残，这些原来以朵颜三卫内迁蒙古人为主的队伍，如今汉一点也看不出蒙古族朵颜部骑兵彪悍的样子。
就这样，文震孟带着锦衣卫和东厂押解饷银的随行人员，在京师三大营的驻地，先后驻守了半个月，到了登记领饷的最后期限，仍然有一万八千余人不见踪影。京师三大营的坐营官当然也很尴尬，甚至也可以说有点害怕，毕竟如今的皇帝开始不好糊弄的，而且动不动就杀头抄家，过去高高在上的锦衣卫和东厂，也是说杀就杀、说抓就抓，将近六万人硬生生给清洗成不足四万人，另外两万人要么被杀头抄家，要么被抓了撵去挖煤开矿，当然了这所谓的两万人中也有大量的空饷存在，见不到人的也都是一律除名削籍，从此不再有粮饷俸禄了。这次文震孟也是依着皇帝的意思，凡是逾期不来领饷的，一律除名削籍，从此不再发饷，至于坐营官以及各哨官把总的罪责，视情可不予追究。只是令文震孟这个状元公没有想到的是，逾期不来领饷的人居然如此之多，冒领空饷的额度居然如此之大，号称三十万的京师三大营，不久前报备军机处的实有员额是六万，而实地点验的人数，居然只有四万两千人。震惊之余，做事认真、讲原则的文状元，根本不听三大营坐营官的解释，即便是英国公军机大臣张惟贤、成国公朱纯臣相继派人说和也没有用，根本不给京师勋贵武臣一点面子，限定的最后期限一过，立马提笔给皇帝上了密折，说明了实情。
对京营的情况，朱大明有心理准备，所以并没有太意外。而这也的确是整顿京营的一个契机，只是京营牵扯了太多勋贵武臣，轻易不能擅动，英国公张惟贤总督京师三大营，而成国公朱纯臣提督五军营，丰城侯李承祚提督三千营，新乐侯刘效祖与总兵朱国彦共掌神机营。其中除了丰城侯李承祚涉魏党被抓以外，其他的都不能重处。尤其新乐侯刘效祖，他是崇祯皇帝生母刘氏的亲弟弟，也就是崇祯皇帝的亲舅舅，其子刘文炳后来继承了新乐侯的爵位，崇祯死后，刘文炳与巩永固受命护送崇祯皇帝的太子出城，结果失败，全家殉节而死。所以接到文震孟的密折之后，朱大明想来想去，最后决定把三千营的责任归咎于丰城侯李承祚，以勾结魏逆、欺君罔上、贪墨军饷之罪，将其抄家斩首，家人流放云南；将五军营、神机营的责任归咎于之前的监军内臣和坐营中官，共十二人，一律抄家斩首，并下旨申斥英国公张惟贤、成国公朱纯臣和新乐侯刘效祖，一律罚俸一年。对于文震孟密折里请示剩余饷银如何处置的问题，朱大明则在给文震孟的旨意中，令他用剩余的饷银重新招募一万八千人，从三大营选官训练三个月，然后以一万五千人充实三大营，再以三千人新建一个监军标营，由监军御史直领，免得监军御史说话没有分量。
与文震孟看到的情况大同小异，带着尚方剑的倪元璐、施邦曜，分别到达任所之后，也是采取逐营发饷、逐人发饷的办法，经过半个月的辛劳，终于摸清了宣府和蓟镇的情况，空饷的问题当然存在，但是要比京营好一点，空饷的额度都在两成左右，而这些空饷倒也不是纯粹贪污挥霍了，而是用来养家丁。营兵是朝廷的，而家丁是自己的，所以多数边镇将领喜欢把更多的军饷挪用过来养家丁，这也是边镇普遍存在空饷问题的原因，好在这些家丁将来还是要上阵的，很多家丁队伍到了关键时刻还能发挥重要的作用。这一点与京营比显然要好一点，因为京营的空饷，就是将领纯粹的贪墨，他们不需要像边镇将领那样养家丁战场保命。但是即便算上了将领的家丁，宣府和蓟镇也还是有空饷，倪元璐核算之后密折上报宣府镇营兵兼卫所兵实有员额一万七千人，空饷三千人。施邦曜所在的蓟镇三屯营、建昌营营兵兼卫所兵实有一万六千人，空饷四千人。对于这个空饷的比例，朱大明其实还算是满意的，至少与当初核实上报的差距只有两成左右，还不像后来那样离谱。
但是该处理的人员还是要处理的，而且考虑到两年后应对建虏的入侵，也有必要趁机清理掉一批不太可靠的将领，宣府镇总兵侯世禄和蓟镇三屯营总兵刘策还算尽责，而宣府副总兵张承荫、三屯营副总兵朱来，却不敢死战，在面对建虏大军的时候一降一逃，这样的人留着也是祸害。朱大明很快就把倪元璐和施邦曜的密折转给了军机处，张惟贤知道皇帝对军务的重视，所以很快就做出了处理，参照京营的做法，监军太监和坐营中官一律以欺君之罪处斩。与京营不同的是，根据皇帝的意思，宣府和蓟镇的副总兵张承荫、朱来同样抄家处斩，张承荫的副总兵之位由宣府守备邓祖禹升任，朱来的副总兵之位则由蓟州镇原参将孙祖寿升任。之所以升邓祖禹和孙祖寿的官，并不是他俩有多优秀，只是因为在军机处会同兵部报上来的候选名单里，这两个人是朱大明在后世读明史的时候就知道的，邓祖禹是万历年间的武进士出身，万历年末天启初曾在沈阳任守备，w.unsh在出城激战的过程中被击落马下，攻守双方都以为他死了，结果只是昏迷，等他醒来的时候沈阳城已经沦陷，无奈逃归，先是论罪处死，后来知道内情的官员上书施救，被改为宣府守备至今，再后来与入侵的后金军激战，因公升任宣府副总兵，最后在与流贼作战中被俘，不屈而死。至于孙祖寿，朱大明了解的不多，只知道他在崇祯二年后金入侵的过程中，跟随满桂在德胜门外一起战死。
宣府和蓟州两个边镇虚报兵员冒领军饷的问题，最后该杀的杀、该罚的罚，数日之内就了结了。这就是有了密折和军机处的好处，不需要上朝会议论来议论去，让懂军事的管军事、懂政务的管政务，这样一份工少了扯皮，多了效率。而且军机处以军法论罪，根本不走刑部、督察院、大理寺这个司法系统。惟一主管军法的前后左右中五军都督府，又是军机大臣兼着大都督，所以效率就更高了。当然了，追究责任的事情结束之后，朱大明也分别给倪元璐和施邦曜一道旨意，与给文震孟的旨意基本一样，都是准许他们拿着剩余的饷银，每镇以三千为定额，就地募兵，抽调所在边镇将校，编练监军直领标营。军机处将皇帝的旨意转发九边，整个九边都是一震，那些虚报冒领额度较少的还好，空饷额度较高而且监军御史还未到达的，都是赶紧募兵填补，希望躲过这一劫。而那些监军御史已到，兵员尚未补充的边镇，比如山海镇、辽东镇、东江镇、大同镇，则是忐忑不安地等待着监军御史的点验，等待着皇帝的怒火和军机处的处置。
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