收到毛文龙、褚宪章联名奏报的同时，崇祯皇帝也收到了褚宪章、毛文龙和袁枢各自转递的密报。
在给皇帝的密报之中，褚宪章禀报了他对东江镇与建虏一系列战斗情况的观察，以及他对毛文龙、曲承恩、沈世奎、毛承禄等东江镇将领们的认识，同时也顺便禀报了毛有德带着船队从瀛洲岛返回东江镇的情况，建议朝廷大力发展水师并尽快移民瀛洲岛，等等。
锦衣卫东江镇千户所千户袁枢，则报告了崇祯一式前装燧发滑膛枪的威力，以及他对大量装备崇祯一式以及定装弹药的意见，同时也建议朝廷在义州或者安州加修城池，以利东江镇长期防守，等等。
而毛文龙的密报则正中崇祯皇帝的下怀。毛文龙在密折奏报之中，恳请朝廷同意东江镇军队上岸，并将义州、定州、安州和铁山等城池，彻底从朝鲜李氏那里交割过来，名正言顺地交给东江镇管理，以便东江镇有更大的空间、更多的地盘，来安置逃亡的辽东汉民，以及供给更多的军队。
同时，毛文龙也请示了如何处置建虏镶红旗和镶蓝旗俘虏等事宜，并且建议封赏反正归明的刘兴祚、刘兴治兄弟，以及他麾下的东江镇有功诸将，顺便也捎带提及了东江镇监军御史毛维张率军占领了济州岛，并带人在济州岛屯垦的情况，请求朝廷一并封赏，等等。
通过毛文龙、褚宪章以及袁枢几个人奏疏与密报之家的相互对照和印证，崇祯皇帝基本上全部掌握了整个东江镇大捷的前后经过，以及有功将领的表现，因此对毛文龙、刘兴祚等人的封赏，当然要比原本历史上的封赏要厚重一点。
经过崇祯皇帝的亲自提议，内阁阁臣和军机处几位军机大臣，根据皇帝前不久批准颁行的《军人功勋封赏条例》，进行了会同商议，对东江镇大捷有功将士的封赏，以及东江镇战后有关事宜的安排，很快就出炉了：
因功授爵者二人：其一，就是封东江镇平辽便宜行事总兵官左军都督毛文龙为安东侯，授征东将军印，任为东江镇前后左右中五路兵马都统制。
同时，朝廷在京师敕建安东侯府，赐毛文龙母亲一品诰命夫人、妻子二品诰命夫人，令其原本生活在杭州的母亲、妻子以及女儿到京居住。
其二，则是封反正归明的原建虏复州总兵刘兴祚为平壤伯，任为东江镇右路总兵官，令其于平壤开设东江右路总兵府。
因功授任总兵者四人：其一是曲承恩，由东江镇副将一职升任东江镇左路总兵官，驻守辽东半岛之上的金州卫，增筑金州城，统辖此时已经在复州卫反正归明的刘兴祚弟弟刘兴沛与刘兴基所部。
其二是毛承禄，由东江镇副将一职升任东江镇前路总兵官，许设前路总兵府于新的安东城，令其在原来义州城池的基础上，加紧整修城墙壕沟，并增筑棱堡炮台，以利永久镇守。
其三是沈世奎，由东江镇副将一职升任东江镇中军总兵官，驻守皮岛，但是不设总兵府，而是作为毛文龙的助手，统管皮岛周边岛屿驻军。
其四是李性忠，由登州镇水师副总兵升任东江镇后路水师总兵官，驻守皮岛，不设总兵府，作为毛文龙的助手，统管东江镇所有水师舰船。
因功升任职务者十人：枭首阿济格的刘兴治和献出义州东门的刘兴贤，同为东江镇右路副总兵，协助刘兴祚继续统带已经剪辫蓄发的复州兵。
对此战之中，将火炮用于巷战而建功，一举击毙阿济格的毛可喜，令其恢复本来姓氏，以尚可喜之名，由东江镇定州驻防游击升任东江镇前路副将，驻守义州北部百里左右、鸭绿江东侧的昌州城。
与此同时，率领船队封锁鸭绿江并轰击傅尔丹镶蓝旗建虏骑兵的毛有德，同样令其恢复本来姓氏，以孔有德之名，再一次获得的提升，升任东江镇水师副将，继续驻守瀛洲岛，并归瀛洲镇守使节制。
毛文龙中军参将毛仲明，同样因功恢复本来姓氏，以耿仲明之名，升任中军副总兵，继续统领所部。
毛有时、毛有性、毛仲裕、毛可进等东江镇有功将领，皆由游击升任参将，分别驻守铁山、定州、安州和大鹿岛等地。天津水师、登莱水师则各回本镇驻守，等等。
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