以天皇为首的朝廷在倒幕过程中的重要作用，给大久保利通以很深的印象。他坚信为了日后能够领导国家，天皇必须首先“一新”朝廷之旧弊，为此就必须使天皇与象征旧弊的京都割断联系，创造适应新时代的天皇性格。明治政府成立后的迁都、改元等都反映了他这种思想。
明治政府在彻底消灭幕府势力后，大久保利通先担任新政府的参议，又任大藏卿。岩仓具视使团出访欧美，大久保利通亦随行。在巡访中，普鲁士的“铁血宰相”俾斯麦给大久保利通以最深印象，他认为日本想富强只有象俾斯麦一般行事。
正当大久保利通在欧美访问的时候，国内以西乡隆盛为首的留守政府主张侵略朝鲜，以转移士族对政府的不满。大久保利通得到这个消息立即回国，对于“征韩”问题，大久保利通绝不是一个和平主义者。他只是感到日本尚不具备外征的条件，当务之急是抓紧学习西方，大力推行“殖产兴业”政策，加速日本资本主义工业化的步伐。于是大久保利通和岩仓具视结合起来，施展政治手腕，击败以西乡隆盛为首的征韩派，把他们赶出中央。这场政治斗争，史称“明治六年十月政变”。从此以后，以三条实美为太政大臣、岩仓具视为右大臣、大久保利通为内务卿的专制政治体制成立了。
明治六年内务省正式成立，大久保利通以参议兼任内务省内务卿。他把劝业、警保、户籍、驿递（即邮政）、土木、地理六个部门和测量司的大权都集中到自己手里。大久保利通所管辖的范围涉及到“殖产兴业”的各个方面。他在担任内务卿期间，创建了明治政府的行政组织，即包括外务、内务、大藏、陆军、海军、文部、教部、工部、司法、宫内十个省的中央官僚机构。于是以大久保利通领导的内务省为中心，同大隈重信控制的大藏省、伊藤博文的工部省在日本形成了推行殖产兴业政策的三位一体的领导体制。
大久保利通执掌大权时，走上了专制统治的道路。他毫不留情地镇压所有的反抗活动。对版籍奉还、废藩置县一直心怀不满的原来大久保利通的旧主人、藩摩藩主岛津久光上书天皇，提出14条建议，反对各项改革，并要求撤掉大久保利通的职务。当然大久保利通等改革派不能接受，对保守派进行反击，岛津久光被迫引退。当岛津等旧藩势力在内部进行反政府活动的时候，对明治维新各项资产阶级改革强烈不满的反动士族公开发动了反政府的武装叛乱。最先发动的是明治七年二月由江藤新平和岛义勇领导的“佐贺之乱”。结果被大久保利通严厉的镇压了下去。
大久保利通有着和俾斯麦差不多的冷血性格和铁腕手段，因政见不同他可以将早年的政治伙伴有马新七置于死地。而当岛津久光这个大恩人不能跟上时代时，也被他一脚踢开。是以明治天皇虽然赞赏他的才能，却并不喜欢他，因而也谈不上对他的绝对信任了。
相比于大久保利通，明治天皇更加喜欢生性耿直的“武士楷模”西乡隆盛。在明治天皇看来，信奉“无事不可对人言”的西乡隆盛，要远比爱玩弄阴谋诡计的大久保利通可爱得多。
而这一次大久保利通指使川路利良派出“东京狮子”前往鹿儿岛刺杀西乡隆盛的举动，在明治天皇看来，本就是不当之举。因为到现在为止，虽然种种迹象表明，鹿儿岛的武士们在做着叛乱的准备，但并没有证据指明西乡隆盛参与其中，在没有证据和西乡隆盛没有触犯任何国法的情况下，便贸然对他进行刺杀，不但是失义之举，而且违背了最后的底线。
曾经历经“丧父之痛”的明治天皇，对政治暗杀存有本能的反感，也对此极为警惕。
当年父亲孝明天皇不就是因为和德川庆喜将军私交甚好、提倡“公武合体”的理念，而被维新派当中的激进者暗杀的么？
孝明天皇因为和维新派理念不合而遭到暗杀，那么他明治天皇——孝明天皇的亲生儿子，如果在治国理念上再有偏差，是不是他们也会果断的暗杀掉他呢？
今天大久保利通可以用这样的手法对付西乡隆盛，那么明天会不会用同样的手法来对付自己呢？
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