事情就这么结束了，木叶只是发布了一下声明，宇智波家族最后一员宇智波佐助叛逃。
当然暗地里却不是这样的，村子里关于这件事长老会和团藏自然是抓住不放，不过被秋道武一方庞大的势力压下。而秋道武也越来越觉得团藏的掣肘。不过秋道武却是暗中传递了消息给鼬，告知了鼬关于佐助的种种事情还有自己的打算，同时召回了在忍界闯荡的一位故人，打算增强自己的实力。
而秋道武和团藏的矛盾再次不可预料的爆发了。
事件的起因还是要说道秋道武的那位故人，到底是谁呢？是止水，宇智波止水，瞬身止水。
话说秋道武通过隐秘的手段通知到了止水，告知他现在木叶的状况，决定邀请他回到木叶增加实力，而止水这个热爱村子的宇智波一族二话不说开始向村子进发，但是却不料在秋道武传递消息给止水的过程中一部分消息泄露了，被团藏的“根”获知，但是团藏也没有准确的情报，只是知道止水两个字就值得团藏重视了，一旦止水还活着并且回到木叶，揭发团藏身体上的秘密，必然会导致团藏被木叶所唾弃就是长老团也不会站在他这一面，所以他派出了十几支精英“根”小队在木叶村外围火之国不停的搜寻，企图在止水回到木叶的途中将止水暗杀，解决掉这个隐患。
于是自然战斗爆发了，这时的止水的一身行头可谓是行藏不落于人，身穿黑色的大衣头戴着遮盖住面容的帽子，虽然不能够让人看清楚面目，但是这本身就很可疑，而且“根”小队本着宁错杀一千不放过一个的原则截杀这个“黑衣男”，然而止水的实力不可忖度，就算是现在的秋道武也不知道止水这些年到底进步到何种地步。于是在止水杀掉两支“根”小队之后终于引起了团藏的怀疑。
团藏为除掉这个隐患，离开了木叶村。而这一消息却被五代目秋道武得知，因为对于止水即将回归，秋道武对于各种情报特别敏感，受到“根”小队连日来的异常和团藏的出村的消息，秋道武觉得事情非同小可，十之八九与止水有关。
于是秋道武也在暗中离开了木叶，火影事务交给纲手处理。而三代和纲手虽然知道秋道武的目的，但是却没有阻拦，因为他们知道现在的团藏对于木叶绝对是百害而无一利，只会掣肘木叶的发展。
“老头子！”纲手看着三代说道。
“我知道了”，三代看着秋道武远去的背影，眼中一阵的伤痛，道：“但是他毕竟是团藏，和我一起共事了这么多年，虽然他野心勃勃，但是他对木叶的贡献，却是数之不尽的，如果不是他的话，木叶村也不会有这样的成就了......”。
不提三代的感慨，秋道武的行动得以在暗中进行。
秋道武在村子外一直向着团藏的方向赶去，脑海里回想着团藏的情报。
火之国木叶村的忍者，木叶暗部的地下组织“根”的领导者，是第二代火影千手扉间的弟子和第三代火影猿飞日斩的竞争对手。对宇智波一族有极大的偏见，是下令对宇智波一族实施灭族的木叶高层之一。为人心狠手辣、老谋深算，不惜一切手段都要当上火影，目的是干出一番大事业，用强硬手段守护木叶村，并像千手柱间那样统一忍者世界。
他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领“山椒鱼”半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门（即后来的佩恩）性格理念上的扭曲；曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法，在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。
“根”，是指所谓的暗部特别机动部队，也就是暗部培训部。“根”由强硬主战派——团藏所一手建立，故此“根”的成员是直接受命于团藏而不是火影的。在疾风传·卡卡西暗部篇中，“根”成员曾奉团藏之命，组建十人队伍执行对重新上任的三代火影的暗杀任务，但由于卡卡西的倒戈而败露。
虽然“根”在宇智波灭族事件后就已经解散，但仍有不少前成员继续在暗部任职，甚至效忠于“根”，
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