《大长今》堪称是后世韩流中最具代表性的作品，不仅在韩国本土，在中国大陆、台湾、香港和亚洲其他地区，每次播出都所向披靡，屡屡打破收视纪录。
为了真实再现“长今”生活的时代，韩方主创人员研究了大量关于“长今”的历史，花在幕后的工夫远远超过了荧幕上表现出来的内容。
除了导演和编剧要阅读大量医疗、饮食方面的书籍外，《大长今》背后还有一支包括历史、服装、韩医以及宫中饮食等许多专家学者所组成的顾问团队，对《大长今》创作进行全方位的指导。
投资方还特别参考朝鲜王朝重要的古迹之一景福宫建造了主场景“大长今村”，务求场景不仅要十分华美，还要符合历史考据。
没有幕后主创人员严谨求证不容出错的态度，就不会有《大长今》的成功。
在故事结构上，义妁和长今的经历非常相似。
义妁出身医术世家，父亲是宫廷御医，因为医术高明遭到太医院最高长官太医令丞崔府志的嫉妒，某日一皇子突发急病，义妁之父奉命诊治，但是他写好的药方却被崔府志偷偷修改了用药分量，最终皇子夭折，义妁被判满门抄斩。
义妁因为刚刚出生免于一死，最后被父亲生前好友民间大夫许善友抱走领养。
义妁天资聪敏，对医术情有独钟，立志成为一名大夫，但是养父以义妁是女儿身为由，坚决不许她学医，也不传她任何的艺术。
养父的反对并没有打消义妁学医的决心，反而更加坚定了她成为女大夫的决心，她一边自学医书，一边在帮养父打下手同时在旁边偷偷学习。
可惜好景不长，中原地区爆发大瘟疫。许善友不顾个人安危，挺身而出救治患病的平民，自己却不幸染上瘟疫，药石无效，在临终前，他把真相告诉了义妁。
原来许善友不许义妁学医，是因为他认为义妁的父亲就是因为医术高明最后断送了自己的性命。所以他宁愿义妁一辈子都只做个平凡的普通人。
许善友死时要义妁立誓永不学医，为了让养父安心离去，义妁只好违心地答应了下来。
操办完许善友的后事，义妁将原来的医馆低价转卖给另外一个大夫，条件是对方要答应继续帮穷人免费义诊。
义妁外出游历归来，却发现买下的医馆的那人并没有履行诺言。甚至还把无钱看病的穷苦人从医馆里赶出来。
义愤之下，义妁只好违誓重拾医术，专门办看不起病的穷苦人诊治，被当地老百姓称作活菩萨。
在治病救人的同时，义妁并没有忘记自己最初的理想，为学习更高的医术，她拜长安第一名医郑无空为师。苦学医术。
汉武帝生母王太后染上怪病，宫中御医束手无策，郑无空被召入宫为太后诊治，义妁随行。
在郑无空与几位太医在武帝御前会诊时，义妁大胆提出了一种可能，郑无空十分支持，但几位太医都觉得很荒谬。
义妁的“冒言”引来了武帝的兴趣，在得知义妁的经历之后。武帝同意按照义妁的诊断被太后施治，最后太后的病情果然大为好转，义妁因此被特许入太医院，专为宫中女眷看病。
在太医院中，义妁接触到了不少生父的同僚，也从他们口中对自己的亲生父亲有了一个更清晰的认识，这愈发坚定了她为父亲洗刷冤屈的决心。
在义妁收集相关证据的同时。她的真实身份却不慎被父母的仇人太医令丞崔府志得知，对方故技重施，利用宫中张贵妃洗过温泉浴后无故昏迷事故陷害郑无空、义妁。
不明真相的武帝将郑无空、义妁师徒下狱，定为死罪。亏得王太后念及二人为她医好怪病的功劳，向武帝求情，免去死罪，改为发配边疆。
崔府志一计不成又施一计，打通关系将义妁的发配地改为了敦煌郡，那里是汉朝与匈奴作战的前线，被发配那里的罪人基本上九死一生，有去无回。
郑无空在发配途中不幸逝世，义妁克服重重困难来到了敦煌，并且继承了郑无空的遗志，继续发挥医术治病救人，很快便赢得了当地百姓和驻军的尊重。
在长安的王太后在一次偶然的情况下关心起了义妁的情况，命人一查才得知有人偷偷篡改了皇帝的意图，将义妁的发配地改成了敦煌。
武帝从王太后口中得知此事之后大为震怒，处理了相关官员，同时赦免了义妁的罪行，下旨招她重回长安。
然而崔府志并未放弃陷害义妁的机会，千方百计要把她害死，可惜事与愿违，义妁终于查清昔日贵妃昏迷的真正原因，她大着胆子向武帝请求，为已去世的郑无空翻案，亦替蒙冤多年的生父洗脱冤情。
崔府志被武帝处死，义妁在太医院用心钻研医术，刻苦寻找治疗各种疾病的处方，太医院的御医们也渐渐抛开成见，接受义妁的医术地位。最后义妁凭个人的努力、精湛的医术、无限的爱心和无私的关怀，成为汉武帝亲封的女国医。
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