除了配方难得之外，药剂学最难的地方有三点：第一是对药草的处理。举个简单的例子，为了尽可能的精简，很多用到凝神花的药剂配方中都会这样描述原料：凝神花汁XX克。
这其中就大有学问，凝神花汁顾名思义是凝神花的汁液，但是如何将一株凝神花的汁液用正确的方法取出，就会难道一大批药剂师，因为不同的药剂配方中所需要的凝神花汁需要用不同的方法取出。
比如醒脑药剂中用到的凝神花汁就需要用秘银打制的小刀，将凝神花切成碎末，然后用刀背去碾，这样得到凝神花汁才适用于醒脑药剂。
又比如镇定药剂中同样也需要用到凝神花汁，但却不能用上一种方法，否则会使镇定药剂的药效过猛而使人陷入长眠中。这个配方中凝神花汁的正确提取方式是将凝神花放在纯净的水中，然后使用特制的器皿蒸馏得到。
而这些是不会记载到药剂配方上的，所以一个药剂师得到药剂配方仅仅是第一步，要想通过药剂配方将这种药剂配制出来，还有很长的路要走。
第二个难点是加入药草的时间。艾利亚特大陆上所有的药剂配方都不是用单一药草就能配制的，最简单的一级配方，至少都会用到五种以上的药草。这些药草当然不是一股脑的放入坩埚中就可以，先放什么、后放什么、什么时候加入新的原料都极有讲究。
放入原料的时间几乎需要精确到毫秒，有任何一点差错，轻则降低最终成品的效果，重则会导致配制失败，甚至有可能引起爆炸而危及生命。
第三个难点则是火候的掌控。毫不夸张的说，药剂师对火候掌控的要求甚至犹在锻造师之上，毕竟锻造师如果火候掌握不到家，还有补救的余地，但对药剂师来说，稍有不慎，珍贵的药草就会被高温化为灰烬。
艾利亚特大陆市场上的药剂至今仍价格高昂，原因就在于此，很多药剂师都曾因火候掌握不好而糟.蹋珍贵药草的惨痛经历，所以当一瓶药剂配制完成之后，其中的价值并不仅仅是配制药剂本身的材料价值，还要附加价格高昂的“损耗”。
这也是在卓格大师之前，药剂师被普遍认为是魔法师的一个分支的重要原因，当时的人们都相信，魔法师甚至只有火系魔法师，才能完美的驾驭配制药剂的火候。
正是有这三个难点存在，即使后来卓格大师为普通人成为药剂师开辟了一条崭新的道路，但药剂师在整个大陆仍然是凤毛麟角，想要成为一个药剂师实在是太难了，以至于到了现在，绝大部分药剂师都必须有老师收为贴身弟子之后，获得老师的悉心指点才会就职成功。否则的话光是材料的损耗就足以逼死大多数“野生”药剂师。
名师出高徒这句古话在药剂师行业中绝对是至理名言，能拜一位药剂大师为师，无疑会少走很多弯路，那些药草的处理方法、放入药草的时机和火候的掌握，都可以直接从老师那里学到，而不必自己花费大量精力、财力去摸索，这样那些药剂大师的弟子们才会有更多的时间和精力去研究或改良药剂配方，成为新的药剂大师。
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