碇唯“复活”并没有在NERV造成多大的影响，事实上除去冬月副司令和律子这样的核心成员外，NERV几乎没人知道碇唯。
日子一天天过去，NERV的重建十分顺利。与此同时，政府也开始对NERV进行了大刀阔斧式的改革。
出于对EVA强大力量的恐惧，联合国在一番讨论之后出台了《EVANGELION禁止法案》，决定禁止一切关于EVA的使用和研发，现存的四台EVA、莉莉丝和郎基努斯之枪将全部沉入太平洋洋底，永久的封印起来。NERV也不再作为绝密的特务机关存在，而是改革重组成为一个全新的科研机构，依旧附属于联合国，继续研究生命进化学。
碇源堂虽然依旧掌握着NERV，但是这时候已经不能再他叫“司令”了，而应称他为“NERV研究院院长”。冬月则拒绝了“副院长”的头衔，他说既然一切都已经结束了，他想回到校园做回自己的老本行，也就是老师，当然，这不代表他离开了NERV，他在NERV还挂着个“顾问”的头衔。
冬月拒绝了任聘后，这个副院长的职位就自然而然的落在了美里的头上，美里算是又升了一级，可喜可贺。律子依旧是NERV的首席科学家。加持则离开了NERV，开始真正为内务府工作，据说他也升官了。青叶茂、日向诚、伊吹玛雅自然还留在了NERV。
至于真嗣、明日香和丽，没有了EVA，现在他们只是普通的十四岁小孩子了，他们的生活重新归于平静，平静的甚至有些无聊，但是真嗣和丽却觉得这种无聊的日子十分幸福，只有明日香偶尔会发一声牢骚“好无聊啊——”
在NERV重建的差不多后，政府开启了重建第三新东京市的项目，或许，现在应该叫第四新东京市了。重建的第四新东京市就坐落在地底世界的战场上，NERV“金字塔”的旁边，政府似乎是打算把第四新东京市打造成一个国际科研都市，在政府和联合国的大力支持下，第四新东京市日新月异，一栋栋高楼在“金字塔”旁拔地而起。
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一晃半年时间过去了，这一天，天刚刚亮李晓就早早的起床了。他先是冲了个澡，然后站在镜子前，将头发梳成大人模样，再穿上一套帅气西装，看着镜子里英姿勃发的自己，李晓满意的点了点头。
为什么今天李晓刻意打扮了一番，而且还穿的这么正式呢？那是因为今天是一个特殊的日子，今天，美里和加持要结婚了！
一个月前，美里突然宣布她和加持要结婚了。经过一个月的精心准备，这一天终于来了。
两人结婚的地点就选在NERV本部，一是因为第四新东京市还没有建造好，二是因为这里承载了美里和加持太多的回忆，而且经过一番重新装修后，NERV的内部结构已经完全变了，现在的NERV是一所纯粹的科研机构，这里不再对外保密，甚至允许研究人员将自己的家属接进来一起住，已经俨然是一座埋在地下的小型都市了，而适合作为结婚场地的大型礼堂自然也是有的。
李晓来到礼堂的时候已经是人山人海，他在人群中随意的转了一圈，忽然意外的发现在角落里的一张餐桌上，明日香和渚薰正坐在那里。渚薰同样是一身得体的黑西装，明日香则穿着一件热情似火的红色短裙礼服，这两人的组合虽然十分稀奇，但是不得不说俊男美女坐在一起还是相当养眼的。
另外顺便一提，渚薰还活着这件事碇司令已经知道了，现在使徒已经灭绝，EVA也封印了，所以碇司令也没说什么，算是默认了渚薰的存在。自从碇唯回来后，碇司令整个人就好像变了一样，虽然依然总是板着个脸，但比之前可要有人情味多了。
李晓走过去，对明日香和渚薰打招呼：“你们俩够早的啊。”
明日香在桌子上拄着下巴：“是你太晚了。”
“晓，你今天可真是帅气啊。”渚薰微微一笑，还是那么优雅。
李晓坐下来，得意的嘿嘿笑道：“彼此彼此。”
三个人闲聊了两句之后，真嗣也到了，一起到的还有碇司令、碇唯和丽，现在他们四个人俨然就是一家人了。李晓看见真嗣很开心的在和碇司令交谈着什么，这是以前不敢想象的画面，看来他们父子俩终于和解了。丽的脸上也带着高兴的表情，她穿着一件黑色礼服，碇唯在旁边挽着她的手，两人一起走过来就好像真正的母女一样。
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