峨眉众人率众而出，强夺倚天，卓宁将其余人一一打飞，却唯独对周芷若无法下手。
在灭绝师太逼问下，周芷若几乎本能反应，一剑向卓宁刺去。
卓宁“继承”张无忌的优柔寡断，此刻竟是没有还手。
卓宁此时才想起来明教大义，强撑着站起身来，问道：“武当，还有峨眉两派，那个不服在下调解的，尽管出来。”
灭绝师太冷哼一声，自觉剩下的武当，足可以灭杀卓宁，便道：“峨眉派认输，六大派的成败，全靠宋大侠裁决了！”
宋远桥见卓宁重伤，不忍欺辱，便派遣宋青书出马对战。
宋青书挑衅道：“魔教之人，人人得而诛之，今日我便为民请命！”
卓宁端坐在地，沉声道：“出招吧！”
宋青书想起卓宁与周芷若的“互动”，果断出手。
然而，卓宁虽然身不能动，《乾坤大挪移》之法却高端无比，竟是将宋情书的攻击一一化解，宋青书急怒攻心之下，拔剑便刺，却最终被《乾坤大挪移》反转，伤到自己。
见到这一幕，全场哗然。
宋远桥无奈之下，宣布武当失败。
然而武当之中，殷梨亭却站了出来，他与杨逍有血海深仇，此刻不肯干休。
最终，见到卓宁不肯想让，殷梨亭拔剑刺来，
“殷六叔，你杀了我吧……”最终关头，卓宁不得不吐露真实身份。
“无忌，你是无忌！”
“大哥，他是我五哥的儿子张无忌啊！”
这下子，整个六大派以及明教全都炸开锅了……
六大派失败离开，卓宁又遇到了“教主之求”，他是“张无忌性格”，再三推辞，然而此时丐帮等小帮小派乘机攻打，卓宁无奈，只能当了教主，以教主之尊强行下令所有人躲入光明顶密道之中。
明教众人伤势复原之后，卓宁等人下山前往冰火岛，途中却发现六大派弟子被杀，甚至发现殷梨亭四肢筋脉尽断，我倒在地。卓宁殷梨亭中伏与少林有关，说会想办法找黑玉断续膏为他接骨，又决定上少林查探。
却在途中，遇到绿柳山庄宴客，卓宁第一次见得赵礼秀扮演的赵敏。
然而此时，卓宁却丝毫不认得赵礼秀，他与明教众人中了赵敏圈套，卓宁折返绿柳山庄取解药，与赵敏一同坠入机关之内，无奈之下，唯有对赵敏无礼，赵敏却因此暗中钦慕，将头上珠花送给卓宁。
经过一番混乱，卓宁率人来到少林，却发现少林众僧行踪全无，并于罗汉堂内发现血书“先诛少林，再灭武当”，并嫁祸于明教身上。
卓宁心急如焚，率先前往武当派。却扮演了一个小道童，偷学了太极拳法。
便在此时，自称明教教主张无忌的赵敏到来。
赵敏要挑战张三丰，卓宁代为出战，赵敏随即说破卓宁身份，赵敏说比试未完，张三丰随即传授卓宁太极剑法，张无忌一一击败阿大阿二阿三等三名化名高手。
随后，因黑玉断续膏一事，卓宁不得不答应赵敏三件不违背江湖道义之事。
过不多时，卓宁自常遇春处得到六大门派被囚万安寺之事，随即动身前去救人。
进入大都后，卓宁悄然潜入万安寺，在万安寺中，见赵敏在偷学六大派武功，途中，赵敏召见周芷若，质问她跟张无忌的关系，又说要划花她的脸，张无忌情急下取出金盒掟向倚天剑，赵敏见金盒断开感心痛，当听到他说随身携带又觉心甜，周芷若见状醋意顿生。
卓宁出了万安寺后，却遇到赵敏之师苦头陀，原来此人竟是明教右使范遥，随后，众人以范瑶所献计策，开始万安寺救人计划。
在计划实施之时，卓宁却被赵敏所约，两人相约小店饮酒。在半途中，计划成功，万安寺火起，卓宁连忙赶去救人，赵敏却在此时要求第一件事，便是借屠龙刀一观。
随后，卓宁紧急赶到万安寺现场，挟持赵敏之兄王保保，从而救出六大派众人，唯有灭绝师太自行跳下跌死，却将掌门之位传给周芷若。
六大派之难告一段落，各派均对张无忌及明教的戮力相救感激不尽，前嫌尽释，元兵阴谋心血尽费。
随后，赵敏与卓宁再度相遇，相约前往冰火岛，却在途中遇到峨眉弟子逼迫周芷若，随后金花婆婆赶到，拿下了周芷若。卓宁、赵敏两人，乘机混上了船只，出发向龙蛇岛。
原来金花婆婆竟是紫衫龙王，已将谢逊骗到此处。
龙蛇岛上，卓宁遭遇波斯明教圣火令，以奇功击败使者。然而众人却已被困在岛上。
这天晚上，卓宁身畔有赵敏、周芷若两位美人，又有蛛儿、小昭两个青梅竹马在畔，一时间，他恍然若梦，只觉得若能一直这样下去，其实也是不错的选择，少了许多人世间的苦恼。
然而，隐约之间，卓宁却想起在光明顶上，自己意气风发，受万众瞩目，成为明教教主，手握滔天权力……
“警告，宿主抉择即将改变剧情！”
“警告，宿主抉择即将改变剧情！”
正在此时，卓宁隐约听到一个机械的声音，恍惚间，他仿佛觉察到了什么。
正在此时，外面炮声响起，原来是波斯船队已经到来，卓宁顾不得再去多想，因为周芷若却被波斯使者擒住，波斯使者以周芷若为要胁，谢逊猜测波斯明教夺大挪移心法，无非为吞并中土明教。金花婆婆决定与对方谈判，愿随返波斯，使者乃放走周芷若。
谈判的结果，小昭必须要成为圣女，回到波斯明教，方可解除此难。
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