当李由校穿越成为明朝天启皇帝朱由校后，他在第一时间就想到了改革。经过后世无数网文和史料的狂轰滥炸，朱由校很想采取大刀阔斧的方式进行改革，却发现如果真这么做了，大刀阔斧就会落在自己脑袋上，先被别人把自己的命给革了。
自己的后妃被人无端囚禁，表面上看是因为张裕妃个性太直得罪了客氏，实际原因则是张嫣张皇后没有儿子。万一张裕妃生下了皇子，那么明朝皇室又将陷入皇位的嫡庶之争，于是保皇派下手了，为的就是保持住‘道义’这一重要筹码，为自己谋取更多利益；
保皇派尚且如此，还能指望那些所谓的东林和齐楚浙三党？而且这些朝廷的政治势力，似乎对于谋害皇上的性命，根本没有心理负担。在他们眼中，皇上就是用来谋取利益的挡箭牌，一旦这个挡箭牌碍事了，他们有的是办法让皇上非正常归天，然后再选一个皇上了事；
因此朱由校根本不敢相信宫中的任何一个太监宫女，就算皇后做的饭难吃到极点，他也坚持不吃宫中的任何东西。为了给自己找到合适的侍卫，他不惜得罪锦衣卫撤换所有护卫，并另外迎娶张凤仪为后妃，进而得到实权武将的支持。
这算是朱由校初步改革中较为成功的一步，也不太被朝中大臣所重视。但好歹自己的命能保住了，不然鬼才知道自己会不会死于什么乱七八糟的事情。而这件事能成功的原因，在于成本低，影响小，利益牵扯不大。但是朝堂的人事、经济、施政等改革，困难重重。
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朱由校虽然掌握了吏部，户部和工部的尚书之位，却根本得不到其余官员的支持。三部的任何事宜，到最后都会变成扯皮。不胜其扰的朱由校，干脆在科学院成立了秘书部，专门负责处理这些破事，相当于变相与朝臣达成妥协，大家继续混着日子过。
既然朝堂上得不到支持，朱由校便决定通过科学院来施展自己的计划。他不惜动用一切力量，将科学院建设成一个世界最顶尖的存在，以此达到对于人才和资源的虹吸效应，间接改变明朝原有的经济与朝堂格局。
但这个改变不仅需要时间，更需要科学院能有拿得出手的成果。这个成果并非是什么跨时代的科学技术，而是最简单的粮食和钢铁。这是明朝南方的经济和政治势力，控制北方朝政的根本所在。
有了足够的粮食，北方就能摆脱对于南方的依赖；有了足够的钢铁，京城军队就能不再被南方豪强所挟持。有了兵精粮足的军队作为支撑，北方就能彻底对南方说不，也为日后北方产品在南方进行倾销保驾护航。很多时候，刀剑比道理更加实用。
为了这个目标，朱由校不惜冒着生命危险御驾亲征，就是为了得到河套之地。与其和南方商人讨价还价，不如开辟新的粮食产区，从根本上断了南方土老肥的念想。
当然，朱由校为此付出的成本，就是将蒙古人放进关内，并且还要祈祷蒙古人不要趁机捣乱，后金不也会趁机攻城略地。而且他也知道，等他回到京城，没有从中捞到好处的朝廷官员会是如何愤怒，必定采取各种方式反对，到时候头疼的事还多。
这些官员敢于明目张胆地威胁皇上，所依仗的就是两点。其一，自从明武宗以后，明朝皇帝再无战争功勋，可以作为压制群臣的手段；其二，明朝军队的私兵化，实际让皇帝与将领的关系，进入到了一个很微妙的阶段。皇上实际成了一个空头司令。
朱由校作为后来者自然明白，一个帝国的皇帝不能掌握军队意味着什么；朝廷将领无法指挥地方军队意味着什么。而一个帝国，如果过于依赖某几个大将，那帝国离崩溃也就不远了。因此朱由校又开始了对于明朝军制的改革。
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站在后世的角度来看，明朝现行军制的弊端太多，朱由校想要改革的想法也由来已久。他曾经写了无数方案，但后来都揉成了一团废纸。不是不想改，而是不能改。不能改的原因很简单，没钱。
朱由校穿越后，曾计划组建彪悍的龙骑兵部队，重现成祖时期大汉骑兵的辉煌。狂热的骑兵达人猛如虎，对皇上的英明决策高举双手赞成，于是迫不及待地扳着手指头，给朱由校算过一笔账，可怜的大明天子当时就晕菜了：
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