在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和阿斯兰两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：
到现在阿斯兰才知道，原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工**里成功出生的最强调整人，而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。
穆和阿斯兰留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。
等到乌鸦高达和禁断高达恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和正义三架高达均未返回的大天使号，只得由自由高达和GN堕天使前往应战。
另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为林枫所阻拦，而我因为被禁断，主天使号和那三艘的舰船与MS不要命的炮火死死拖住所以没能立刻赶过去。
救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔.穆尔塔不禁大喜过望。
遭到联邦舰队和ZAFT舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了ZAFT舰队的阻击。草薙号和永恒号向ZAFT的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。
由于主天使号的两个强化人都达到了活动的界限，ZAFT方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已
得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向ZAFT军的宇宙要塞“博亚兹”进军。
没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的ZAFT军被打得大败。
焦虑不已的帕特利克·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用ZAFT方面的核武器——Genesis（创世纪）
至此.seed的最终一战终于引来了序幕。德拉克.D.夏亚的最终敌人，万恶之源中遗漏出来的贪欲也将登场。
撒！战斗吧！少年啊！
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“开始了哦，诸位,现在就是将那些天上的怪物击落的时刻了！让他们知道！到底谁才是世界的主宰！！为了蓝色清净的天空！！”穆尔塔大声吼着蓝色波斯菊的口号，宣布了对PLANT的最终一战开始了。
数以千计的MS纷纷喷发着蓝色的光芒，袭向了PLANT的防卫线，在他们看来。已经失去中子干扰器的PLANT已经没有什么好怕的了！我们这边可是可以再度使用核弹的啊！
“为了蓝色清净的世界！去死吧！天上的怪物们！！”一架强袭短剑，第一个射出了这场战争的第一枚光束，瞬间打爆了一架金改。
但是他自己也被随后的数发光束撕成了碎片。
“为了地球！！”但是爆炸的位置立刻再一次被另一架强袭短剑所补全。噗咻！噗咻！再次射出了绿色的光束。
“为了蓝色清净的天空！！”咔嗒！轰！！
“地上没开化的野蛮人！！”噗咻！轰隆..~！
“为了在尤尼乌斯7而战死的哥哥！！！”咔嗒！轰轰轰！！
“主天使号发动，在PLANT没有完全布置好防卫前撕开一个口子！主炮发射准备！”娜塔尔所在的主天使号这时也冲入了战场。
“发射！！！”娜塔尔一声令下，早就已经凝聚好了的死亡光芒立刻喷发了出去。一瞬间就清空了一个射程内的所有MS。
在原本漆黑的宇宙中，在这一片区域内瞬间成为了光芒的海洋。不过..是死亡光芒的海洋那。
每一分，每一秒，每一个呼吸间，都会有人杀人，都会有人被杀。杀了他我就能活下去，杀了别人才能保证自己的存活。不杀就会被杀，杀就能保证自己还能再苟活一秒钟。
因此！为了能够再苟活的一秒钟而杀吧！杀了别人！夺取他人的生命！成为我那多活一秒钟的垫脚石吧！！
咔嗒！轰！！！
“报告！左旋30°，大量MS接近中。是PLANT的新型机！！”主天使号上的观察员紧张的报告到。
“主炮再充能,巴里安特启动，对空防御飞弹（罗曼特）发射！！”娜塔尔冷静的命令道
轰咻！！！....，再次怒吼的主炮袭击向了MS群，随后的巴里安特与对空防御导弹也喷射而出。
轰轰轰轰轰轰！！！！！，一个个爆炸所产生的烟雾圈就这样出现在了主天使号的面前。
在这一片激战的领域中的不远处....，一架架运输着核弹的MA正隐秘的偷偷向PLANT飞去。
想要以核弹来发动总攻的穆尔塔此时也正阴笑着看着眼前的战场。{尽情的在这里厮杀吧！等待你们的将是PLANT被核弹轰击而坠毁的绝望般的消息！哼哈哈哈哈哈}
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