我到处受欢迎，
又被每个人讨厌。”
虽然爱洛伊丝写信要他回到他们的圣灵修道院里躲避危难，安度晚年，但为了避免给她惹出麻烦，他谢绝了爱洛伊丝要求。从那以后，他们几乎又很长时间没有书信往来。他先是离开了圣基尔达斯修道院，去了一个更加不堪的修道院。但是所到之处，都是非常地不顺。就如他之前所说的那样，为了躲避长剑，他从一个崖边又掉进了另一个狮窝。他觉得他在这个地球上几乎没有立足之地。他这一生命运坎坷，福祸难测。每当他过上几天的好日子，灾难就会随之而来。而每当他绝望之时，光明又不期而至。好象命运总是在这样地捉弄着他。
他已经摆脱了感情和苦恼的纠缠，几乎每时每刻都在思考着哲学问题。他陆续写出了系统神学著作《基督教神学》、《是与否》、《神学导论》和伦理学作品《认识你自己》等几部著作。他的声望和博学为他敞开了一个闻所未闻的世界，大量年轻人追随着他，并成为他思想的信徒。但是，这也招致了诸多批评，尤其是西多会的修道院长圣伯尔纳对他的攻击最激烈。而这位西多会的修道院长就是那位曾经对圣灵教堂的阿伯拉尔进行严酷迫害的克莱尔沃教会的伯尔纳。他仿佛注定要与阿伯拉尔为敌，决一死战。
特别是阿伯拉尔的那本道德哲学的代表著作《认识你自己》问世后。招到了教会方面更为严厉的批评。在书中，他认为罪恶的产生．主要是在于意图而非行动；没有一个行动（甚至是杀人）其本身是有罪的。所以一个母亲，因其婴儿穿衣太少无法温暖时，紧紧地把婴儿抱在怀中，结果无心地使婴儿窒息而死。她杀死了她所爱的，虽然她受到法律的制裁，以使其他妇女提高警觉，但在上帝眼前她仍是清白的。更深一层来说，要构成一个罪行，须行为者不仅是触犯了别人，更重要的是违背了其自身的道德良心。因此杀害基督教的殉道者，对于罗马人并非是罪，因为他们相信这样的迫害，对保存他们的国家或是他们信仰的宗教来说都是必要的。不但如此，而且“甚至那些迫害其所认为有责任去加以迫害的基督以及他的跟从者的人，其行为固然被认为是有罪的，但假若他们违背良心，释放基督徒，则所犯的错误及罪行将是更大的。”这种解释即使合乎逻辑，也是使人愤怒的。但是，在这种理论下，罪恶的定义是对神的法律是一种亵渎，同时也增加对“犯罪意图”曲解的成份；除了少数像保罗类型的人物，何人会承认他是违背良心行事？在16条使阿伯拉尔在1141年遭受控诉的原因中，有6条原因是因此书而生的。这明显违反了基督教的正统教义，让教会深感不安。
因为这本书，阿伯拉尔开启了与教会传统势力的正面交锋，也引来了伯尔纳排山倒海般的猛烈攻击。伯尔纳还煽动教会批判阿伯拉尔的学说。
与强大的教会对立，使他处于十分不利的境地。而且他假设的定义在宗教信仰内没有任何的奥秘，以及所有的教条都应作出合理解释的观点，比任何异端邪说更使教会感到困扰。也许是他太执迷于逻辑，以至于把“神的话”也当成了一种逻辑。这是一种以非传统的方法在引导着正统的结论，如果这个论调只是他本人自己的一种论调，也许不会有人理睬他。可是，成百上千的学生都在热切地追随着他，在受到着他那善变的逻辑细胞的感染和影响，而且还一些如康科斯的威廉、吉尔伯特和图尔的贝伦格尔等教师，也在把信仰置于理智的考验中。这就使得维系欧洲道德与社会秩序的宗教信仰受到了挑战。而且，阿伯拉尔的一个弟子布雷西亚的阿诺德正在意大利煽动革命。
这种情况很快就引起了西多会的修道院长圣伯尔纳的关注和忧虑。这位在信仰上热切的警犬，嗅出到在羊群内的野狼，于是，他决定领导他的同伴一同去行猎。其实他一直都在注视着这个潜行的且具攻击性的勇敢的知识分子，但他并不想对他寻衅和发起攻击。当圣提埃里的威廉要他注意阿伯拉尔的授课所造成的危险性，并请求他出面谴责这位哲学家时，他只是敷衍了事，并未对阿伯拉尔采取行动。
但是，阿伯拉尔这时出现了误判，他以为伯尔纳要聚集力量在对他实施围攻，于是，就主动写信给桑斯教区的主教，表示要在即将举行的基督教会议上能有一个为自己辩护的机会，以澄清有些人对他有关异端邪说的指控。主教正好希望他自己的主教座堂能成为基督教世界瞩目的焦点，当即就同意了阿伯拉尔的请求。为确保他们之间有个精彩的论战，他在两边煽风点火，并邀请了当时在巴黎享有盛名的教会人物伯尔纳列席。
但他的要求没被伯尔纳接受，因为他自知在辩证法的论战中，要与在逻辑上有40年训练经验的阿伯拉尔相比，他“不过是个小孩”而已。但他写信给几位主教，力请他们列席来卫护基督的神圣与尊严。但他们感觉如果伯尔纳不参与其中，他们的力量会非常薄弱，就千方百计地恳劝伯尔纳出席会议。
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