在清军的将领中，施琅无疑是最熟习海战的。同时，他对自己海上指挥作战的能力也深具信心。而早在增援漳州的决策前，清军是准备让施琅率部出征的，但施琅不合时宜地委婉提出的一个要求，却使清廷加深了对他的猜疑，使他再无机会征战海上。
以一个总兵的身份要求专征权，恐怕也只有施琅才做得出来。当然，施琅要求专征权，除其好胜之性格使然，希望能独拥大权外，更重要是从此次战役的全局考虑，并吸取了上次攻打金厦惨败的教训。
达素率清军大举攻厦，却几乎全军覆没，不习海战、不谙风汛潮汐，特别是指挥权落在不具备海战能力和经验的将领手中，是其遭受惨败的主要原因。再纵观此次增援行动的将领，耿精忠、李率泰、马得功等人虽与郑军征战多年，但都不具备指挥海上作战的能力，黄梧虽习海战，却能力不足，且被困于漳州。
但这些人的权位都重于施琅，施琅没有专征权，一旦发生意见分歧，在瞬息万变的作战过程中，后果难测。施琅不希望再尝败绩，遂提出仅希望让靖南王耿精忠、总督李率泰、提督马得功等与他一同谋划进增援漳州之事宜，而不要求他们财政管理，委婉地表达了自己愿独自担当此次行动的的责任，隐含获得专征权的意思。
施琅为了获得支持，还拜见了清廷派至福建的兵部侍郎党务礼。详细介绍了行动方略，又重申了想独自指挥增援漳州行动的请求。可惜的是。施琅两名部将的反叛，以及之后散播的风言风语使党务礼十分谨慎，而施琅原本就言语木讷，且又说一口难懂的闽南话，更让朝中权贵党务礼所不喜。
最终，施琅不仅没能达成目的，反倒是被排除在了行动之外，但他辛苦训练的水师却被抽调一空。随后。清廷加紧实施“分拨海上投诚官兵移驻外省，分散其力量，以消除隐患”的政策，施琅荣幸地成为其中一员，被调往河南邓州驻防。
对于要以少数民族统治主体民族的满人来说，对汉人的心理情结是难以消除的。既要使用，可鄙视、猜疑、防范却是司空见惯。特别是在他们所不熟习的领域，更是害怕汉官汉将一家独大。
施琅无用武之地，提督马得功的水平又实在有限，清军空自拼凑出一支兵力、船只还算上规模的增援部队，却终于是重蹈覆辙，在海战中惨败并丧失了最后的水师资本。
海路援军已绝。郑军大将刘国轩、冯锡范又与明军陆战队联手，分别击败了耿藩的陆路援军王进和刘炎两部，漳州遂成孤城，明郑联军便可以放心攻打。而漳州清军得到援军无望的消息后，军心、士气为之大丧。内部也混乱起来。
防守漳州的清海澄公黄梧徬徨无计，染病卧床。其子黄芳度见明郑联军势力正炽。有心投降，却又心忧其父黄梧与郑氏结怨甚深，内心始终不安，遂密遣人与明军联系。在得到明确承诺后，黄芳度软禁其父，并与手下突然发难，杀南洋总兵许龙、耿藩部将刘豹，献城降于明军。
在东征之战中，清军战意不坚的原因有很多，而其中的沿海迁界，以及清廷将投诚官兵及其眷属一律强制送往外省垦荒屯田，无疑是很重要的。短视而自大的清政府出于对汉人的防范，大海的恐惧，采取的这些愚蠢政策使已降者离心，未降者寒心。对于多为沿海人士、留恋故土的广大投降官兵来说，明郑联军气势汹汹，岂不正是他们得以逃脱苦海的机会？
不只是低层官兵对清廷的政策深恶痛绝，连一些高级将领对此也极为不满。比如悍然举旗造反的碣石苏利，施琅所部提标游击钟瑞、中军守备陈升，还有很多降清的郑军旧将。
对于这些反正或投诚的官兵来说，象黄芳度这样做出“降明不降郑”决定的要占绝大多数。明军为正统，明廷为正朔，明朝已奄有数省……这些原因当然重要，而“好马不吃回头草”，恐怕也是这些原郑军降兵降将不可忽视的心理原因。
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