吉奥接管这个项目后，立即终止了过去的化合物盲目设计过程，他决定和校内的利尔教授课题组展开合作，共同解析病毒蛋白的结构。利尔拥有世界上最先进的奥林巴斯X射线衍射仪，造价500万RMB，分辨率小于4个?，几乎所有的蛋白都能利用它衍射出自己的晶体结构。吉奥原来向莱特教授提议过，可以和利尔合作来解析蛋白的结构，但是一直没被采纳，因为教授觉得，如过这个项目牵涉的人太多，病毒一旦暴露，会殃及好多人。
然而，吉奥感到，再这样下去盲目地去搞研究，也会浪费大量的时间，他直接找到了利尔，“利尔教授，您知道目前α病毒是国内研究的热点。而α病毒蛋白结构的解析是后续靶点确证和药物设计的基础，我们这里有α病毒的样品，您们拥有最先进的X射线衍射仪，假如我们能很好地合作，把α病毒的结构解析出来，这也算是一个不小的成就了。”吉奥在和利尔教授谈判时，虽有些不自信，但还是表现得很镇定。
“小伙子，你们团队的成就是大家有目共睹的，从最初的泽菲替尼的上市，到后来的Leder的发现，国内都没有几个能与你们相比的，能与你们合作是我们的荣幸。既然抗α病毒药物的研究是你们最看好的项目，我们一定得把它做好，从现在开始我们就一起合作，只要你们能提供出病毒的样品，我们就会尽最大努力把它的结构解析出来。”利尔教授很爽快，说话从不拖泥带水。
吉奥培养α病毒时，刚开始有些不顺利，但经过几次失败的教训，就把完整的病毒培养出来了，他把处理后的病毒蛋白样品交给了利尔教授后，教授亲自上手实验。通过几个不同角度的衍射，整个α病毒蛋白的结构就构建出来了。但是，结果却令所有人都咋舌，α病毒是一个表面比较光滑的蛋白，小分子药物很难结合到病毒表面，从而对病毒起到抑制作用，吉奥这才明白为什么他们过去合成的化合物一点效果都没有。
于是，抗α病毒药物的研究又陷入了困境。
从那开始，不少人都认为，α病毒是一个小分子药物无法起作用的病毒，于是，他们都开始浮躁起来，认为大分子药物会对α病毒的效果更好一些，莱特教授定的这个研究项目一开始就是错的。
但是也有一部分人拥护莱特教授的决定，他们都认为教授的想法都很有前瞻性，即使现在看不出来，以后也会凸显出它的价值。于是，课题组内产生了两大派系。雷替斯认为课题组应该转型，和其他课题组一起做大分子药物研究，而吉奥则拥护教授的决定，想继续做小分子药物研究。
“雷替斯，你忘了莱特教授原来是怎么安排的吗，我们要坚持小分子药物研究？”吉奥劝雷替斯不要偏离原来的研究方向。
“但是小分子化合物根本对病毒起不了作用，教授也很想发现一个有效抑制α病毒的药物，不管它是不是小分子。”雷替斯一五一十地说出了自己的想法。
“但是你对大分子了解吗，你要做大分子，遇到的困难不知道比小分子大多少倍。”吉奥开始有些着急了。
“即使遇到再多的困难，我们还有成功的希望，如果做小分子，一点成功的希望都没有。”雷替斯也有些生气了。
吉奥还想反驳，但是为了避免起更大的争执，话到嘴边又咽下了。
最后，吉奥和雷替斯不欢而散，从那开始，吉奥领导的一队人每天都在研究小分子化合物的设计与合成；雷替斯领导的一队人每天都在搜集信息，试图找出一个合适的课题组来开展大分子研究。时间一长，课题组内的气氛也越来越紧张。
赫尔作为莱特教授的忠实粉丝，自然站到了吉奥的这一边，他每天的工作就是合成化合物，几乎没时间看文献，而雷替斯每天的工作是搜集和阅读文献，几乎不做实验。
这一天，赫尔正在利用旋转蒸发仪浓缩样品，忽然旋转蒸发仪发出“吱扭吱扭”的响声，大家都明白，旋转蒸发仪用久了会发出这种声音，只能凑合着用。但是一旁的雷替斯就不乐意了，这种声音很明显影响了他读文献，他刚开始瞪了赫尔一眼，赫尔礼貌性地摆弄了一下旋转蒸发仪，但是并没有把它修好，杂音还是一如既往的大。
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